Amiraali Kirkin voitto Khanista ja Genesis-planeetan luominen eivät juuri lohduta. Spock on kuollut ja McCoy on selittämättömästi sekoamassa päästään. Sarekin, Spockin isän, yllätysvierailu tuo mukanaan hämmästyttävän paljastuksen: McCoy suojelee Spockin sielua sisällään. Kahden kärsivän ystävänsä avulla, joista toinen elossa ja toinen ei, Kirk yrittää auttaa heitä valtaamalla U.S.S. Enterprisen - ja uhmaamalla Tähtilaivaston Genesis-planeetan karanteenia. Mutta myös klingonit tietävät Genesiksestä ja kiirehtivät matkaan kohdatakseen Kirkin kohtalokkaassa taistelussa.