New Yorks borgere er grebet af frygt og kriminaliteten breder sig uhæmmet i byens gader. Ingen kan vide sig sikre for den maskerede forbrydekonge Shredder og hans private hær, Fodklanen. Men under fødderne på både borgere og kriminelle er der noget i gære. Dybt under asfalten i kloakker og glemte gange bevæger sig en ny kraft, der er klar til at slå igen - frygtindgydende krigere på de godes side, men i den mest utænkelige skikkelse - Teenage Mutant Ninja Turtles!